01.1 - Graduação (Sede)
URI permanente desta comunidadehttps://arandu.ufrpe.br/handle/123456789/2
Navegar
7 resultados
Resultados da Pesquisa
Item Contribuições do uso de ferramentas de bioinformática no ensino e aprendizagem de evolução envolvendo a temática pandemias causadas pela bactéria Yersinia pestis(2025-08-06) Sousa, Matheus Geovane Gomes de; Freitas, Nara Suzy Aguiar de; Silva, Alexsandro Alberto da; http://lattes.cnpq.br/2011377431714562; http://lattes.cnpq.br/6891650997818766; http://lattes.cnpq.br/7743011824083084Este trabalho investigou as contribuições do uso de ferramentas de bioinformática de modo lúdico no ensino-aprendizagem da evolução, sob a perspectiva das histórias das pandemias provocadas pela bactéria Yersinia pestis, como modelo evolutivo. Adotou-se uma abordagem quali-quantitativa com metodologia descritiva, aplicando uma sequência de aulas dividida em quatro momentos, que envolveu questionários iniciais e finais. As sequências genéticas e a árvore filogenética gerada nas aulas permitiram aos discentes a visualização de processos históricos das três pandemias de Y. pestis. Inicialmente com visão tipológica, os discentes avançaram para um entendimento atual reconhecendo alterações genéticas ao longo do tempo e correlacionando com as variações do vírus da pandemia de COVID-19. As ferramentas de bioinformática têm papel relevante no ensino de conceitos evolutivos no ensino médio e são facilitadoras da compreensão da diversidade da vida e da história evolutiva das espécies, tornando as aulas mais significativas e facilitadoras do ensino-aprendizagem contribuindo para a alfabetização científica e a capacidade de interpretação crítica baseada em evidências. Essas tecnologias tornam teorias abstratas em representações visuais, facilitando a superação de equívocos sobre mecanismos evolutivos. A integração da bioinformática nas aulas potencializa o ensino de evolução, tornando o ensino mais atual e significativo. No entanto, sua implementação efetiva depende de investimento nas infraestruturas escolares e na formação continuada dos professores. O ensino da evolução, todavia, ainda, necessita enfrentar obstáculos pedagógicos e emocionais.Item Sequenciamento genético de nova geração e sua aplicabilidade na virologia veterinária: revisão de literatura(2025-07-25) Guaraná, Ayrton Carlos Luz; Pinheiro Júnior, José Wilton; http://lattes.cnpq.br/3931532041328673; http://lattes.cnpq.br/1933294583713129Objetiva-se com o presente relatório demonstrar as principais atividades exercidas pelo discente Ayrton Carlos Luz Guaraná sob orientação e supervisão, do Professor Dr. José Wilton Pinheiro Junior, da Universidade Federal Rural de Pernambuco e da Professora Dra. Líria Hiromi Okuda do Instituto Biológico, respectivamente. Este trabalho foi dividido em dois capítulos, no primeiro inclui-se uma descrição das atividades realizadas durante o período de vivência do estágio, e o segundo capítulo contém a revisão de literatura sobre Sequenciamento Genético de Nova Geração (NGS) e sua aplicabilidade na virologia veterinária. O Estágio Supervisionado Obrigatório (ESO) ocorreu no período de 14 de abril a 04 de julho de 2025, no Laboratório de Viroses de Bovídeos (LVB), que faz parte do Instituto Biológico (IB), também conhecido como Secretaria da Agricultura e Abastecimento, localizado no município de São Paulo, no bairro da Vila Mariana (Zona Sul). A revisão evidenciou que o NGS supera métodos tradicionais na detecção de vírus emergentes e coinfecções, com aplicações críticas em vigilância genômica (ex.: identificação de novas variantes de Felipivirus e Calicivirus felino). Plataformas como Illumina, Ion Torrent e Oxford Nanopore são eficazes na caracterização de variantes virais e suporte a estratégias profiláticas. Conclui-se que o NGS é indispensável para respostas rápidas a ameaças virais, embora desafios técnicos e econômicos persistam.Item Levantamento e análise da variabilidade genética do gênero Siderastrea Blainville, 1830(2024-10-04) Lira, Jean Tácio Tôrres de; Amaral, Fernanda Maria Duarte do; http://lattes.cnpq.br/7026011892824176; http://lattes.cnpq.br/0569107903225207Este estudo visou preencher lacunas no conhecimento sobre a diversidade genética e filogenética do gênero Siderastrea (Blainville, 1830), importantes organismos construtores dos recifes de corais, com maior foco na espécie Siderastrea stellata (Verrill, 1868). Colônias parcialmente branqueadas da espécie S. stellata foram coletadas na praia de Gaibu, no período de novembro de 2022 a janeiro de 2023 e o DNA genômico das colônias foi extraído utilizando o Kit Wizard Genomic DNA Purification Kit. Foi desenhado um par de primers específico para a confirmação da espécie S. stellata e a identificação das colônias foi realizada pela técnica de PCR convencional. A análise da variabilidade entre as colônias foi realizada pela técnica de RAPD utilizando 06 primers randômicos do tipo ITS. Além disso, para analisar se existia variabilidade genética entre as amostras de S. stellata, existentes no banco de dados genômico Genbank, as sequências depositadas foram utilizadas para o alinhamento e posteriormente foram realizadas análises filogenéticas entre amostras depositadas utilizando a plataforma Mega. Por fim, análises de restrição enzimática in silico foram realizadas na busca de enzimas de restrição que pudessem ser utilizadas na diferenciação entre os isolados. Os resultados alcançados com a técnica de RAPD não forneceram dados suficientes para permitir identificar variabilidade genética entre as amostras analisadas no presente estudo. Por outro lado, em relação aos dados da análise filogenética, foi possível encontrar diferenças entre as sequências de isolados de diferentes regiões. Houve uma maior proximidade genética entre isolados de S. stellata do Panamá e do Brasil e menor proximidade com o isolado do México. A Siderastrea savignyana se destacou como o ancestral mais distante dentro do gênero. Além disso, foi possível detectar variações genéticas preliminares entre as populações avaliadas, utilizando dados da análise de restrição in silico. Desta forma, o presente estudo traz uma primeira abordagem de análise genética de variabilidade dentro das espécies de S. stellata. Contudo, estudos mais aprofundados são necessários e poderão auxiliar no esclarecimento da complexidade da variabilidade genética do gênero, além da auxiliar nas estratégias de manejo e conservação desses organismos e dos ecossistemas marinhos que eles sustentam.Item Predição por análise in silico da consequência de mutação missense no gene IGF2 humano(2023-09-04) Costa, Karla Roberta Lemos Maul de Souza; Maia, Maria de Mascena Diniz; http://lattes.cnpq.br/7051998554981575; http://lattes.cnpq.br/8727605240852776O presente trabalho visa correlacionar o polimorfismo do gene IGF-2 humano a síndromes hipertensivas gestacionais como hipertensão gestacional (HG) e hipertensão arterial crônica (HAC), tendo em vista que estas síndromes estão entre as maiores causas de morte materna e fetal. Diferentes ferramentas e tecnologias computacionais foram utilizadas para analisar dados depositados nos bancos de bioinformática e predizer as consequências moleculares na substituição de aminoácidos na proteína codificada pelo gene IGF-2 com base na estrutura protéica trazendo informações importantes para identificação de mutações que podem causar doenças genéticas humanas. O fator de crescimento semelhante à insulina 2 (IGF-2) é um dos três hormônios proteicos que compartilham semelhança estrutural com a insulina e está ligado a fatores de crescimento que estão envolvidos no desenvolvimento embrionário. Esse gene sofre imprinting materno (é silenciado), ou seja, o alelo a ser expresso deve ser sempre aquele herdado do pai para que o indivíduo tenha o fenótipo normal. (BARTOLOMEI; ZEMEL; TILGHMAN, 1991). Embora o alelo materno seja perfeitamente normal em sequência, este será inativado por metilação, e, caso aconteça ao contrário, e esse gene de origem paterna seja imprintado e o da mãe seja expresso, o indivíduo será raquítico, crescendo menos da metade do tamanho normal. O principal papel do IGF-2 é como um hormônio promotor de crescimento durante a gestação em mamíferos, desempenhando um papel fundamental na regulação do desenvolvimento feto placentário influenciado pelo lactogênio placentário. Assim, a importância de estudar o polimorfismo do gene IGF2 é associar as variantes encontradas com as síndromes hipertensivas gestacionais.Item Métodos computacionais para a análise de dados de expressão gênica provenientes de uma análise de microarray utilizada para teste farmacológico(2023-04-28) Costa, Allan Mesquita da; Melo, Jeane Cecília Bezerra de; Costa, Luciana Amaral de Mascena; http://lattes.cnpq.br/2352032088330896; http://lattes.cnpq.br/8499459630583005; http://lattes.cnpq.br/2703136397519338O advento do Projeto Genoma Humano (PGH), finalizado em outubro de 2003, impulsionou o desenvolvimento de técnicas para obtenção e análise de dados biológicos. A necessidade de gerenciar o grande volume de dados do genoma digital foi um fator determinante no crescimento de uma área de conhecimento multidisciplinar, a Biologia Computacional. Nas duas décadas subsequentes à finalização do PGH, genomas de diferentes organismos foram obtidos. Em relação aos mamíferos, projetos tais como o 1000 Genomes Project e o Cancer Genome Atlas (TCGA) ilustraram o avanço de conhecimento na análise de dados complexos. Dentre as técnicas mais recentes, destacamos os Microarrays. Estes fornecem uma quantidade significativa de dados em um único experimento, permitindo a comparação de genomas completos. A análise de dados de Microarray é relativamente complexa e demanda por protocolos que tornem esta análise mais simples, produzindo informações mais compreensíveis. O presente estudo compreende a utilização de métodos computacionais para analisar dados de expressão de gênica obtidos de um experimento de Microarray utilizado para teste farmacológico relativos ao câncer de mama. Para o processamento dos dados brutos, obtidos de uma planilha contendo mais de 3216 genes resultantes de uma análise de Microarray, foi desenvolvido um script visando facilitar a extração de informação a partir destes dados e posterior seleção dos genes de interesse. O programa possibilitou a busca dos genes envolvidos nos processos de morte celular (apoptose, necrose e autofagia), os quais são fatores determinantes na análise de sucesso do fármaco testado. Para a categorização dos genes envolvidos na cascata de morte apoptótica, necrótica e autofágica, foram construídos heatmaps a partir dos valores dos níveis de expressão chamados de fold-change diferença da expressão gênica para os valores antes e depois do tratamento das células cancerígenas com o composto mesoiônico), utilizando técnicas de clusterização k-means e clusterização hierárquica disponibilizadas no programa Heatmapper. Como resultados do foi desenvolvido um script no programa R que resultou na separação de 20 genes envolvidos na cascata de morte de morte apoptótica, seis envolvidos na morte autofágica e 7 envolvidos na morte necrótica, além do desenvolvimento de 3 Heatmaps, contribuindo para a análise biológica dos dados, além de tornar mais acessível o processamento dos dados de Microarray.Item Análise in silico de Polimorfismo de Nucleotídeo Único (SNP) de variantes missense do gene IL17A(2022-10-06) Silva, João Gabriel da; Maia, Maria de Mascena Diniz; http://lattes.cnpq.br/7051998554981575Polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) é o tipo mais comum de variação gênica, com algumas causando doenças. Dessa forma, seu estudo e compreensão é fundamental para o tratamento de inúmeras doenças. De forma rápida e barata, ferramentas in silico são um ótimo caminho para a previsão de possíveis danos que um SNP pode causar. Os SNPs do IL-17A estão envolvidos em várias doenças inflamatórias humanas, como artrite reumatoide, doença inflamatória intestinal, colite ulcerativa, esclerose múltipla, psoríase e câncer. Desse modo, SNPs de IL-17A devem receber um foco maior na área médica. Este estudo teve por objetivo a análise de algumas variantes missense do gene IL-17 A, selecionadas no software Ensembl, por meio das plataformas PolyPhen-2, SNPs&GO e PhD-SNP para verificar se são prejudiciais ou neutras ao organismo humano. O PolyPhen-2 identificou 51,65% variantes benignas, 47,25% prejudiciais e 1,1% desconhecida. No caso das plataformas SNPs&GO e PhD-SNP, ambas identificaram 71,43% variantes benignas e 28,57% prejudiciais. 18,68% são prejudiciais nas três plataformas. Concluímos que SNPs são ótimos marcadores biomoleculares para doenças e ferramentas de análises in Silico são excelentes mecanismos para interpretação de dados e direcionamento de pesquisas.Item Desenvolvimento e validação de marcadores moleculares tipo microssatélites a partir do transcriptoma de Vigna unguiculata (L.) Walp.(2019-07-17) Oliveira, Wilson Dias de; Iseppon, Ana Maria Benko; Araújo, Flávia Czekalski de; http://lattes.cnpq.br/1888011932745430; http://lattes.cnpq.br/7796654028353519; http://lattes.cnpq.br/3544882037972617O melhoramento genético de plantas tem potencializado ganhos contínuos na produtividade de diversas culturas. Neste contexto, marcadores moleculares se destacam como uma ferramenta promissora, que possibilita o acesso direto ao genótipo do indivíduo, diferenciando-se, assim, dos marcadores morfológicos. Os microssatélites (SSR), são marcadores codominantes e figuram entre os mais utilizados para esta finalidade. Assim, o presente trabalho objetivou desenvolver e validar marcadores SSR para uso em programas de melhoramento genético do feijão-caupi [Vigna unguiculata (L.) Walp.]. Para isso, foram analisados três transcriptomas da espécie, oriundos de experimentos por infecção pelo CPSMV (Cowpea Severe Mosaic Virus), CABMV (Cowpea Aphid-born Mosaic Virus) e desidratação radicular. Um pipeline computacional foi usado para identificação e anotação dos SSRs. A seleção dos candidatos para o desenvolvimento dos marcadores foi realizada considerando o polimorfismo de tamanho entre os motivos, seguindo para o desenho dos primers utilizando a ferramenta SnapGene. Foram identificadas 45.776 sequências contendo SSRs, dentre os quais prevaleceram os motivos di- e trinucleotídeos, representando conjuntamente um total de 60% das sequências identificadas. Destas, 3.493 sequências estiveram presentes nos três transcriptomas analisados, onde 160 foram selecionadas com base na diferença de tamanho mais significativa (12-42) entre os motivos, seguindo para o desenho de 30 marcadores SSRs. Na etapa de PCR convencional, foi observado que 73% dos marcadores confirmaram polimorfismo entre os acessos BR 14-Mulato e IT85F-2687, enquanto que 57% foram polimórficos entre Pingo de Ouro e Santo Inácio. Um total de 23 marcadores foram transferíveis para a V. unguiculata subsp. sesquipedalis e 16 para V. radiata (L.). Por fim, a análise permitiu a identificação dos SSRs nos transcriptomas do feijão-caupi, submetido a estresses bióticos e abióticos, revelando polimorfismos entre diferentes acessos. Os dados identificados, analisados e validados irão contribuir com estudos de diversidade genética e pré-melhoramento, visando ampliar a base genética disponível do feijão-caupi.