01.1 - Graduação (Sede)
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Item Sequenciamento genético de nova geração e sua aplicabilidade na virologia veterinária: revisão de literatura(2025-07-25) Guaraná, Ayrton Carlos Luz; Pinheiro Júnior, José Wilton; http://lattes.cnpq.br/3931532041328673; http://lattes.cnpq.br/1933294583713129Objetiva-se com o presente relatório demonstrar as principais atividades exercidas pelo discente Ayrton Carlos Luz Guaraná sob orientação e supervisão, do Professor Dr. José Wilton Pinheiro Junior, da Universidade Federal Rural de Pernambuco e da Professora Dra. Líria Hiromi Okuda do Instituto Biológico, respectivamente. Este trabalho foi dividido em dois capítulos, no primeiro inclui-se uma descrição das atividades realizadas durante o período de vivência do estágio, e o segundo capítulo contém a revisão de literatura sobre Sequenciamento Genético de Nova Geração (NGS) e sua aplicabilidade na virologia veterinária. O Estágio Supervisionado Obrigatório (ESO) ocorreu no período de 14 de abril a 04 de julho de 2025, no Laboratório de Viroses de Bovídeos (LVB), que faz parte do Instituto Biológico (IB), também conhecido como Secretaria da Agricultura e Abastecimento, localizado no município de São Paulo, no bairro da Vila Mariana (Zona Sul). A revisão evidenciou que o NGS supera métodos tradicionais na detecção de vírus emergentes e coinfecções, com aplicações críticas em vigilância genômica (ex.: identificação de novas variantes de Felipivirus e Calicivirus felino). Plataformas como Illumina, Ion Torrent e Oxford Nanopore são eficazes na caracterização de variantes virais e suporte a estratégias profiláticas. Conclui-se que o NGS é indispensável para respostas rápidas a ameaças virais, embora desafios técnicos e econômicos persistam.Item Diversidade das aquaporinas no genoma de Culex quinquefasciatus: um estudo in silico(2023-09-19) Xavier, Italo Gois; Oliveira, Iêda Ferreira de; http://lattes.cnpq.br/5288071226008713; http://lattes.cnpq.br/3953245363870196Culex quinquefasciatus é uma espécie cosmopolita transmissora do nematóide Wuchereria bancrofti, agente etiológico da filariose linfática. Ao longo do seu ciclo de vida, esse mosquito necessita sobreviver a condições ambientais adversas e a diversos estressores biológicos. Nesse processo, mecanismos moleculares são essenciais para o restabelecimento da homeostase do organismo e as aquaporinas são um grupo de biomoléculas potencialmente importantes nessas respostas. As aquaporinas são uma superfamília de proteínas formadoras de canais transmembranares, altamente hidrofóbicas, que estão presentes em todos os organismos vivos, responsáveis primariamente pelo transporte facilitado de água. O objetivo deste trabalho foi identificar, classificar e caracterizar as aquaporinas presentes no genoma do mosquito Culex quinquefasciatus por ferramentas in silico. Para isso, foram feitas análises comparativas estruturais e funcionais das sequências gênicas e protéicas das aquaporinas identificadas no banco de dados NCBI, usando informações genômicas das espécies Drosophila melanogaster, Anopheles gambiae e Aedes aegypti. Seis prováveis genes e 15 isoformas foram identificados no genoma de Culex quinquefasciatus, todos localizados no cromossomo 2, e classificados nas subfamílias DRIP, BIB, PRIP, Eglp1 e Eglp3. Todas as sequências proteicas foram confirmadas para a topologia, arquitetura, localização subcelular e outros parâmetros físico-químicos característicos das aquaporinas. Os motivos e estrutura gênica das aquaporinas de Culex quinquefasciatus mostraram-se conservados dentro de uma mesma família, mas sutilmente diferentes entre os membros de diferentes famílias, refletindo suas diferentes funções biológicas. Os resultados provenientes destas análises poderão ajudar a conhecer melhor os aspectos moleculares dessas proteínas de transporte transmembrana, que são de grande importância para a biologia e evolução dessa espécie de importância médico-veterinária.Item Análise de colinearidade gênica do operon aprX-lipA em isolados de Pseudomonas fluorescens(2023-09-15) Silva, Israel Santos da; Freitas, Nara Suzy Aguiar de; Souza, Paulo Roberto Eleutério de; http://lattes.cnpq.br/1971832245117283; http://lattes.cnpq.br/6891650997818766; http://lattes.cnpq.br/9803828236017805Pseudomonas fluorescens são bacilos gram-negativos que possuem motilidade e estão presentes em ecossistemas terrestres e aquáticos. Por possuírem característica psicrotrófica, essas bactérias estão frequentemente relacionadas à contaminação de leite não pasteurizado e seus derivados, como queijo e manteiga. As proteases e lipases produzidas por P. fluorescens são o principal fator na prevalência de contaminação de produtos lácteos. Essas enzimas são codificadas pelos genes aprX e lipA, presentes no operon aprX-lipA. Nesse sentido, avaliamos os componentes genômicos circunvizinhos ao operon aprX-lipA de P. fluorescens de diferentes origens, visando detectar padrões genéticos inerentes a esses organismos e sua correlação com a atividade proteolítica. Utilizamos o banco de dados do NCBI, a plataforma String e Interpro para avaliação comparativa dos genomas selecionados. Nos quatro isolados analisados o operon aprX-lipA é altamente variado, estruturalmente, com configurações exclusivas para cada genoma. As relações de co-expressão gênica dos genes circunvizinhos à protease aprX, também, apresentam variações qualitativas e quantitativas, intra e inter-espécies do gênero Pseudomonas. Detectamos os componentes do sistema CRISPR tipo 1, até então não relacionado com o operon, que podem amplificar, movimentar e modificar genes relacionados com o mecanismo de defesa, patogênico ou não, do gênero. Os padrões relacionados à patogenicidade indicam que novos biomarcadores podem ser utilizados pela vigilância genômica.Item Perfis genômicos do transposon Tn4401 de isolados de Proteus sp., Providencia sp. e Morganella sp(2022-07-03) Silva, Larissa Almeida da; Freitas, Nara Suzy Aguiar de; Santos, Dayane da Silva; http://lattes.cnpq.br/0456504242112576; http://lattes.cnpq.br/6891650997818766A resistência aos antibióticos é uma ameaça global crescente à saúde pública, causando alta mortalidade. Mutação deriva genética, transferência horizontal de genes via transposons e seleção natural são os mecanismos básicos responsáveis pela disseminação de genes de resistência entre populações bacterianas. A tribo Proteeae é composta por três gêneros: Proteus spp., Morganella spp. e Providencia spp., bactérias patogênicas oportunistas e resistentes a [beta]-lactâmicos. O transposon altamente móvel Tn4401 de Klebsiella pneumoniae e Escherichia coli é caracterizado por conter genes blaKPC que codificam β-lactamase, garantindo resistência aos [beta]-lactâmicos. O objetivo foi analisar a história evolutiva dos genomas da tribo Proteeae e seus transposons Tn4401, mediante padrões, variações e sintenias das sequências dos genomas e de suas regiões vizinhas. Inicialmente, as sequências de Tn4401 de K. pneumoniae (Kp15, Kp512, Kp529-1) foram utilizadas como sequência query no BLASTn/NCBI para busca de cepas da tribo Proteeae. Em seguida, os arquivos GenBank selecionados foram utilizados no software Islandviewer 4.0 para análise de similaridade e sintenia e as sequências FASTAS foram incorporadas ao ClustalW/MEGA 11. Após o alinhamento, foi estabelecida a razão de substituições não-sinônimas por sinônimas. Diferentes isoformas de Tn4401 foram reveladas, entre elas, Tn4401a, Tn4401b e Tn4401d contendo blaKPC. Vários padrões de sítios gênicos do transposon foram detectados, envolvendo deleções, inversões, duplicações e mobilidade de grupos gênicos vizinhos, ora semelhantes, ora diferentes. A seleção purificadora foi uma força ativa nas [beta]-lactamases das cepas analisadas. Foi detectado uma possível relação entre as isoformas do transposon e ilhas vizinhas de resistência a Mercúrio, Cromato e Sulfonamida. Esses achados enfatizam a ação contínua de diferentes processos evolutivos nos plasmídeos e no elemento Tn4401, bem como o possível potencial de disseminação de genes de resistência pela tribo Proteeae.Item Identificação e caracterização de um novo putativo vírus da família Rhabdoviridae a partir de dados de sequenciamento de alto desempenho de mandioca (Manihot esculenta Crantz)(2022) Santos, Lucas Nascimento dos; Blawid, Rosana; http://lattes.cnpq.br/5904522485457534; http://lattes.cnpq.br/6206572147802969A mandioca (Manihot esculenta Crantz.) é uma das culturas agrícolas mais importantes no mundo. Apresenta rusticidade, adaptabilidade e múltiplas aptidões na alimentação humana e animal, in natura ou após processamento industrial. Dentre os fatores limitantes à cultura da mandioca estão as doenças, sendo possível encontrar uma série de patologias causadas por diferentes organismos, dentre os quais, os vírus estão entre os principais. Para que técnicas de manejo de doenças possam ser estudadas e implementadas no campo, é necessário que o agente causal da doença seja devidamente identificado, e, neste sentido, muitas ferramentas de bioinformática têm auxiliado os estudos taxonômicos e têm ajudado a compreender a diversidade biológica que há dentro de diferentes organismos. Deste modo, este trabalho objetivou realizar a identificação e caracterização in silico de sequências virais em dados de sequenciamento de alto desempenho (High-throughput sequencing, HTS) de mandioca disponíveis no NCBI. Os arquivos brutos de sequenciamento de mandioca foram obtidos do repositório SRA do NCBI. Os reads foram trimados no Trimmomatic v.0.36 e analisados quanto a qualidade com a ferramenta FastQC v.0.11.9. A montagem do genoma foi realizada através do SPAdes v.3.15 (k21, 33,55, 77, 99; --careful), e os contigs foram identificados através da ferramenta tBlastX. Os contigs foram estendidos através de mapeamentos consecutivos utilizando a ferramenta BBmap implementada dentro do software Geneious v.R11. O genoma completo foi caracterizado com base em motivos descritos na literatura (espaçadores intergênicos, motivos para início da transcrição e sinais de poliadenilação), além de regiões repetitivas. As ORFs foram identificadas através de análises realizadas com os bancos de dados do UniProt e Pfam. Além disso, foram identificados motivos conservados na proteína L (RdRp) através do alinhamento com sequências de outros gêneros dentro da subfamília Betarhabdovirinae. Também foram determinados possíveis sítios de glicosilação dentro da glicoproteína (G) utilizando a ferramenta NetNGlyc 1.0. O software SDTv1.2 foi utilizado para o alinhamento global de sequências do gene L (nt) de todos os representantes da subfamília Betarhabdovirinae. A pipeline utilizada neste trabalho foi eficiente para a montagem e caracterização da nova sequência viral encontrada nos dados de HTS de mandioca. O genoma viral montado apresenta um genoma estruturalmente característico à família Rhabdoviridae, porém, com a presença de uma ORF extra anterior ao gene L. Com base nos resultados obtidos, provavelmente, trata-se de uma nova espécie de um novo gênero dentro da família Rhabdoviridae. Estudos futuros deverão ser realizados para a confirmação da descoberta desta provável nova espécie viral.