Revisão sistemática das técnicas moleculares utilizadas para análise da diversidade genética em crocodilianos

Abstract

Os crocodilianos são animais de importância para o equilíbrio ecossistêmico, desempenhando diversos papeis chave nos ambientes aquáticos. Esse grupo enfrenta ameaças devido à perda de habitat e fragmentação, levando ao isolamento de suas populações e diminuição do fluxo gênico, aumentando o risco de extinção das espécies. Logo, estudos de diversidade genética em crocodilianos são essenciais para a compreensão de sua estrutura populacional, fluxo gênico e adaptação a ambientes em mudança, proporcionando estratégias de conservação e manejo. Com esse intuito, o presente estudo realizou uma revisão sistemática para elencar os métodos moleculares usados na avaliação da diversidade genética em crocodilianos. As plataformas utilizadas na pesquisa foram: PubMed, SciELO, Capes e newsletter do Crocodile Specialist Group (CSG). De cada documento foram extraídos: tipo de publicação, país de origem das amostras estudadas, espécies alvo do estudo, tipo de amostra biológica, método de extração de DNA e o método usado para avaliar a detecção da diversidade genética molecular. A série temporal das publicações ocorreu entre os anos de 1994 e 2024. Foram selecionadas 139 publicações, incluindo: cinco dissertações de mestrado (3,6%), duas teses de doutorado (1,4%), duas publicações do newsletter CSG (1,4%) e 130 artigos científicos (93,5%). Os tipos de amostras (n=12) mais utilizados nas publicações foram sangue (32,4%) e escama (30,9%), por ser um método menos invasivo e pela facilidade de obtenção. As amostras foram procedentes de 59 países, com destaque para Brasil, 19 publicações, China (n= 18) e Estados Unidos (n= 17). Foram alvos dos estudos, 25 espécies de crocodilianos, com destaque para Crocodylus acutus (n= 30), Crocodylus porosus (n= 19) e Crocodylus moreletii (n=18). Além disso, foram elencados os dez métodos de extração de DNA mais frequentes, com seus princípios e tipo de amostra, destacando-se o Protocolo Sambrook et al. (1989) (n=21) e o kit DNeasy Blood and Tissue (Qiagen) (n=17). Os métodos moleculares utilizados a base de sequenciamento foram: sequenciamento Sanger ou NGS e sequenciamento ddRAD-seq/DArTseq/sRAD-seq, sendo o sequenciamento Sanger ou NGS o mais utilizado nos estudos, (n=79; 56,8%). Entre os métodos a base de sequenciamento o marcador molecular mais utilizado foi o CytB, (n=36; 40,4%), seguido de COI (n=22; 24,7%) e microssatélites (n=18; 20,2%). Já os métodos utilizados a base de PCR foram: PCR, ISSR-PCR, PCR-RFLP, RAPD-PCR e AFLP-PCR, sendo PCR o segundo método mais utilizado, em 39 publicações (28,1%). O presente estudo de revisão mostrou que a combinação de técnicas moleculares se mostrou a melhor alternativa, pois aumenta a amplitude, eficiência e confiabilidade na detecção da variabilidade genética em crocodilianos.