Navegando por Autor "Oliveira, Wilson Dias de"

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    Desenvolvimento e validação de marcadores moleculares tipo microssatélites a partir do transcriptoma de Vigna unguiculata (L.) Walp.
    (2019-07-17) Oliveira, Wilson Dias de; Iseppon, Ana Maria Benko; Araújo, Flávia Czekalski de; http://lattes.cnpq.br/1888011932745430; http://lattes.cnpq.br/7796654028353519; http://lattes.cnpq.br/3544882037972617
    O melhoramento genético de plantas tem potencializado ganhos contínuos na produtividade de diversas culturas. Neste contexto, marcadores moleculares se destacam como uma ferramenta promissora, que possibilita o acesso direto ao genótipo do indivíduo, diferenciando-se, assim, dos marcadores morfológicos. Os microssatélites (SSR), são marcadores codominantes e figuram entre os mais utilizados para esta finalidade. Assim, o presente trabalho objetivou desenvolver e validar marcadores SSR para uso em programas de melhoramento genético do feijão-caupi [Vigna unguiculata (L.) Walp.]. Para isso, foram analisados três transcriptomas da espécie, oriundos de experimentos por infecção pelo CPSMV (Cowpea Severe Mosaic Virus), CABMV (Cowpea Aphid-born Mosaic Virus) e desidratação radicular. Um pipeline computacional foi usado para identificação e anotação dos SSRs. A seleção dos candidatos para o desenvolvimento dos marcadores foi realizada considerando o polimorfismo de tamanho entre os motivos, seguindo para o desenho dos primers utilizando a ferramenta SnapGene. Foram identificadas 45.776 sequências contendo SSRs, dentre os quais prevaleceram os motivos di- e trinucleotídeos, representando conjuntamente um total de 60% das sequências identificadas. Destas, 3.493 sequências estiveram presentes nos três transcriptomas analisados, onde 160 foram selecionadas com base na diferença de tamanho mais significativa (12-42) entre os motivos, seguindo para o desenho de 30 marcadores SSRs. Na etapa de PCR convencional, foi observado que 73% dos marcadores confirmaram polimorfismo entre os acessos BR 14-Mulato e IT85F-2687, enquanto que 57% foram polimórficos entre Pingo de Ouro e Santo Inácio. Um total de 23 marcadores foram transferíveis para a V. unguiculata subsp. sesquipedalis e 16 para V. radiata (L.). Por fim, a análise permitiu a identificação dos SSRs nos transcriptomas do feijão-caupi, submetido a estresses bióticos e abióticos, revelando polimorfismos entre diferentes acessos. Os dados identificados, analisados e validados irão contribuir com estudos de diversidade genética e pré-melhoramento, visando ampliar a base genética disponível do feijão-caupi.